رجل يقود على طريق التلال فجأة يدرك أن فرامل سيارته لا تعمل وتسير بسرعة عالية، وتحطم سيارة في كشك حصيلة. يموت الرجل ولكنه يترك رسالة غامضة قبل الموت : " تاناباتا. كيو " وجد بجانبه قطعة من الماهوجونج بجوار جثة وعثر على ست حالات متشابهة في طريقة القتل في طوكيو، كاناغاوا، شيزوكا، ناغانو وأماكن أخرى في اليابان.

هيجي وسينشي يتعاونان معاً في حل لغز معقد لرسالة من مصدر مجهول والتي ستقود للتمثال المفقود منذ 8 سنوات

أفروديت هي باخرة ضخمة (التي تظهر في الغلاف) والتي تمتلكها "مجموعة ياشيرو". مصممة الباخرة هي "ميناكو أكيوشي" التي تكن الكره لأصحاب الشركة مالكة الباخرة. تقوم هذه الآنسة باغتيال رئيس المجموعة وزوجته وتوهم الجميع بأن الفاعل هو شخص يسمى "كساها" (الذي كان بدوره يخطط لاغتيالهما!).

حول سلسلة انتهاكات قانونية قام بها أفراد لغايات شخصية, تؤدي إلى زعزعة الاستقرار في مدينة طوكيو اليابانية، يقودها شخص في محاولة منه للانتقام، عقب إثبات تورطه بعملية تفجير ضخمة، أودت بحياة عشرات الضحايا من رجال الشرطة، وسط المدينة خلال حدث سنوي بارز. يبدأ المحقق كونان مهمته بتبرأة المشتبه به الرئيسي في القضية، ثم يتنقل إلى ملاحقة الشخص الذي يقف وراء هذه الجرائم، تتسارع الأحداث أكثر، عندما يقوم المجرم باختراق نظام وكالة نازو الفضائية لإسقاط مسبار فوق مركز الشرطة في طوكيو، وهنا تتشابك الخيوط، وتصعُب المهمة أمام المحقق كونان، لإيجاد المجرم والإيقاع به. قصة شيقة ومغامرات تحبس الأنفاس يخوضها كونان برفقة أمورو، والدكتور أغاسا وشخصيات مختلفة يُغير بعضها مجرى الأحداث بشكل مفاجئ في اللحظات الأخيرة

أحد المجرمين يقوم باستئجار توغو موري ليحل قضية محددة لم يذكر تفاصيلها ولكن طلب من موري أن يفعل ذلك عبر تلميحات خاصة! ولإجبار توغو على القيام بذلك قام هذا المجرم بإعطاء ران وباقي أصدقاء كونان ساعات تنفجر في حالة غادروا مدينة الألعاب, بطريقة ما يعرف هذا المجرم أن كونان هو سينشي ولكنه لم يره (كون عينيه مصابتان بالعمى).

قصة الفيلم تدور حول جوهرة تدعى ” سيدة السماء ” يحاول كيد سرقتها، هذه الجوهرة وضعها جيروكيشي عم سونوكو في أكبر منطاد في العالم متحديًا كيد بسرقتها. في نفس المنطاد يتواجد كل من ، ران، كوغورو والبقية والذين يحضرون هناك بدعوة من سونوكو صديقة ران، ولكن فجأة يختطف المنطاد من قبل جماعة إرهابية تدعى ” شامو -- نيكو الحمراء ” التي سرقت أحد الأمراض البيلوجيه ولا أحد يعرف أهدافها.

القصة عن طالبة في المدرسة الثانوية تحصل بصورة عشوائية على قوة تمكنها من الانتقال عبر الزمن، ويعرض الفيلم استخدامها الطائش لهذه القوة لإصلاح مشاكلها ومشاكل من حولها.

شيبويا، طوكيو، تعج بموسم الهالوين. يقام حفل زفاف في شيبويا هيكاري، حيث يرتدي المحقق ميواكو ساتو من قسم شرطة العاصمة فستان زفاف. بينما يشاهد كونان والضيوف المدعوون الآخرون، اقتحم مهاجم فجأة، وأصيب المحقق واتارو تاكاجي، الذي كان يحاول حماية ساتو. نجت تاكاجي وتم تسوية الوضع، ولكن في نظر ساتو، تداخلت صورة الحاصد القاتم الذي رأته عندما قُتل المحقق ماتسودا، الرجل الذي كانت تحبه، في سلسلة من التفجيرات قبل ثلاث سنوات، مع تاكاجي.

تتمحور قصة هذا الفلم حول أكاديمية موسيقية يملكها موسيقار ياباني يدعى "دوموتو كازوكي", أحد مستشاري هذا الموسيقار يحقد عليه لأنه تحول من عزف البيانو إلى عزف الأورغ!

أثناء زيارة كلٍّ من كونان وران وسونوكو سوزوكي وفريق المتحرين الصغار برفقة الدكتور أغاسا لبُرج Bell Tree Tower ذو الـ635 مترًا الذي لم يُفتتح للجميع بعد، يقوم قناص مجهول فجأة بقتل أحد الرجال هناك من مسافة بعيدة نسبيًا. يُلاحق كونان وماسومي سيرا التي كانت موجودة هناك القناص بدراجتها النارية، ولكن الأمور تأخذ مُنحنًى عنيفًا بعد أن قام القناص بتفجير مجموعة من سيارات الشرطة. حتى الـمكتب التحقيقات الفدرالي تأخذ دورًا في المُطاردة.

تتلقى وكالة موري للتحريات مكالمة هاتفية مجهولة، شخص ما يحذر من وضعه لقنبلة ويترك وراءه شفرة غامضة. مغامرة جديدة للمحقق كونان برفقة المتحرين الصغار؛ أثناء حضورهم مباراةً بين فريق طوكيو وفريق أوساكا.. فيكون المحقق كونان في موقف صعب.

تدور احداث الفيلم في البحر، بالقرب من جزيرة “هاشيجو جيما“، طوكيو. اجتمع مهندسون من جميع أنحاء العالم لتشغيل «باسيفيك بوي» على نطاق واسع، وهي منشأة بحرية لربط الكاميرات الأمنية المملوكة لقوات الشرطة في جميع أنحاء العالم. يجري هناك اختبار لبعض «التكنولوجيا الجديدة» القائمة على نظام التعرف على الوجوه. في هذه الأثناء، يزور كونان والمحقق بويز “هاشيجو جيما” بدعوة من “سونوكو” ويتلقون مكالمة هاتفية من “سوبارو أوكيا” لإبلاغهم بأن موظفًا في اليوروبول قُتل في ألمانيا على يد “جين” من المنظمة السوداء. كونان، الذي يشعر بالقلق، يتسلل إلى المنشأة ويجد أن منظمة السود اختطفت مهندسة…! علاوة على ذلك، فإن محرك أقراص يو اس بي يحتوي على معلومات معينة بحوزتها وينتهي به الأمر في أيدي المنظمة… كذالك، الظل الأسود يزحف أيضًا على “هايبارا أي“…

كونان وران وفرقة المتحرين الصغار وآخرون يذهبون إلى مملكة الثلوج وفي بداية الأمر يتلقى محافظ طوكيو رسالة تهديد غامضة وفى نفس اليوم ستنفجر قنبلة في مترو الأنفاق الذي افتتح حديثا.

تدور أحداث قصة الفيلم حول قضية مُغلقة في سفينة ما تُدعى ايجيس محمية من قِبل وزارة الدفاع اليابانية و بالتعاون كذلك مع وزارة الدفاع البحرية الذاتية , تبدأ القصة عندما يتم العثور على جثة أحد أعضاء قوات الدفاع البحري الذاتي ناقص الذراع الأيسر بعدما عرفواً أن هنالك جاسوس قد تسلل إلى السفينة نفسها ايجيس مسبباً اضطرابات و كذلك يضع ران في خطر مُحدق للغاية , يضطر كونان مع صديقه هيجي هاتوري لمواجهة هذا الجاسوس الغامض أو كما يُدعى بحرف اكس كـ دلالة على أنه غامض و مجهول بالإضافة إلى التعديل الجديد الذي قام به الدكوتور أجاسا على ساعة كونان

"ماري" هي قرصانة يابانية قديمة ولها صديقة أخرى تحميها من ظهرها في أثناء المعارك تركت "ماري" كنز في جزيرة تسمى "جزيرة الإله" قبل 300 سنة! في بداية الفلم يسافر كونان وأصدقائه بالإضافة إلى توغو وران وسونوكو إلى هذه الجزيرة ويتعرفون على مجموعة من صائدي الكنوز, تذهب ران وسونوكو للغطس رفقة المرشدة وفي أثناء غطسهم في قاع المحيط يشاهدن أسماك القرش تقوم بالفتك بأحد ثلاثة من صائدي الكنوز, ينقل هذا الأخير إلى المستشفى ولكنه مات بعد وصوله, يكتشف كونان أن هذا الحادث ليس عاديا بل هي جريمة متعمدة!

تعد كيرسو أحد أهم أفراد المنظمة السوداء ومخزن معلوماتها بما تمتلكه من ذاكرةٍ مميزة، لكنها تتعرض لحادث يقلب حياتها رأساً على عقب لتصبح ذاكرتها فجأةً صفحة بيضاء لا شيء فيها. يقابلها كونان والأطفال عند زيارتهم معرض الأسماك وهي بحالةٍ مزرية ويبدأ الجميع بمحاولة مساعدتها على استعادة ذاكرتها، ومن هنا تبدأ تلك الصفحة البيضاء تمتلئ بالألوان الجميلة التي يضيفها أولئك الأطفال الصغار، مما يجعلها تأبى العودة إلى تلك الحياة السوداء التي كانت تعيشها، حيث أظهر لها الأطفال للمرة الأولى في حياتها كيف تكون الحياة

تتعرض ران لتهديد خطير من عصابة ما بعد أن فقدت الذاكرة تماماً. هل ستتعيد ذاكرتها وهل سيتمكن كونان والمحقق توغوموري من إنقاذها هذه المرة؟