تدور أحداث الفيلم في إطار تشويقي وذلك حيث تقع مجموعة من الاغتيالات ﻷفراد الخدمة الجوية الخاصة البريطانية من قبل فريق إرهابي يدعى (كلينيك) فيجد أحد أفراد الخدمة الجوية المتقاعدين نفسه مجبرًا على الدفاع عن رفاقه القدامى.

يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.

تكتشف باحثة منعزلة في رحلتها إلى "إسطنبول" وجود جني قادر على تحقيق ثلاث أمنيات لها مقابل حريته، فتسعى للحصول على الحب في مقابل ذلك.

مع سقوط العالم، يتم اختطاف فيوريوسا الصغيرة وتقع في أيدي حشد كبير من راكبي الدراجات النارية بقيادة أمير الحرب ديمنتوس. ويجب على فيوريوسا أن تنجو من العديد من المصاعب وأن تجد طريقها إلى المنزل.

يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).