يجب على العميلان مولدر وسكالي محاربة الحكومة في مؤامرة وإيجاد الحقيقة المجردة حول استعمار أجنبي للأرض.

تتناول حلقات المسلسل قصة العديد من المخاطر التي يتعرض لها العملاء السريين التابعين لمكتب العمليات الخاصة، والذي يتوجب عليهم التخفي الدائم في عملهم عن طريق استخدام هويات مزيفة للإيقاع بالخارجين عن القانون والذين يمثلون خطرا وتهديدا كبيرا على الأمن القومي.