إستكمالاً لأحداث الجزء الأول، تحاول الحيوانات العودة إلى موطنها في نيويورك، ومنهم الأسد (أليكس) بعد أن تخلى عن طبيعته المفترسة، لكن تسقط الطائرة التي صنعها البطاريق في إحدى المحميات في أفريقيا، يلتقي فيها الأسد (أليكس) بعائلته، ويحاول إثبات نسبه الملكي بالصراع مع (مكونجا)، في الوقت ذاته تكون الزرافة (ميلما) هي الطبيب الساحر الجديد، في الوقت الذي تحاول فيه البطاريق صنع طائرة جديدة للعودة إلى نيويورك.

تدور أحداث الفيلم في إطار من المغامرات حول نيزك من الفضاء الخارجي يضرب امرأة من كاليفورنيا تدعى (سوزان ميرفي)، مما يحولها إلى وحش عملاق، وتعتقلها الحكومة وتسجنها في مكان سري يضم أشخاصَا مثلها ممن وقعت لهم حوادث مماثلة في السابق، وعندما يصل مخلوق فضائي غريب الى كوكب الارض من أجل غزو العالم، يعرض الرئيس (هاثاواي) على هؤلاء الأشخاص حريتهم في مقابل التغلب على هذا المخلوق الفضائي.

قصة عن الفأر المنزلي (رودي)، الذي يعيش في منزل إحدى الأسر الإنجليزية بلندن، تسافر الأسرة وتتركه وحيدًا بالمنزل، وهنا يتسلل إلى المنزل فأر المجاري (سيد)، الذي يقلب حياة (رودي) رأسًا على عقب، وبينما يخطط (رودي) للتخلص من (سيد)، يحدث ما لم يكن متوقعًا، حيث يسقط (رودي) في المرحاض ويتدفق مع مياه المجاري، فهل يستطيع التأقلم مع هذه الحياة الجديدة؟.

يجد كلب صيد صعب الحظ نفسه في بلدة مليئة بالقطط في حاجة إلى بطل للدفاع عنها من مؤامرة شرير لا يرحم لمحو قريتهم من الخريطة. بمساعدة معلم متردد ، يجب أن يتولى المستضعف لدينا دور ساموراي المدينة ويتعاون مع القرويين لإنقاذ الموقف.

يعيش الأسد أليكس والحمار الوحشي مارتي والزرافة ميلمين وفرس النهر جلوريا حياة مترفة في حديقة الحيوان، وذات يوم خطر ببال مارتي في تجربة الحياة في البرية، يحاول أصدقائه الهرب من تلك الفكرة، ولكنهم فوجئوا بشحنهم بالخطأ، وتحدث المغامرة حينما تفلت الصناديق التي تحملهم في البحر ليستقروا على جزيرة مدغشقر، حيث توجد بها مملكة قرود الليمور، والتي تعيش في تهديد دائم وخطر مستمر من حيوانات الفوسا.

يكشف الفيلم أسرار أكثر الطيور المثيرة والغامضة خلال لعبة التجسس العالمية، حيث أن (سكيبر، كوالسكي، ريكو وبرايفت) عليهم أن يلتحقوا بمنظمة التجسس الأنيقة نورث ويند، والتي يقودها العميل السري الذي لا يجب البوح باسمه، وذلك من أجل منع دكتور أوكتافيوس براين الشرير من السيطرة على العالم.

صراع غير اعتيادي بين الخير والشر، بطله (ميجامايند) الذي نجح في التغلب على خصمه (مترومان)، ويشعر بالملل حيث لم يعد هناك من يستحق أن يواجهه، إلى أن يخلق لنفسه خصم جديد له، وهو (تايتن) الذي لا يستخدم قواه معه فقط، بل يخطط لتدمير العالم؛ مما يضع (ميجامانيد) أمام مسئولية اﻹنقاذ الكبير ﻷول مرة في حياته.

المغامرات الإضافية لبو واسع العينين في الصين القديمة ، الذي لا يضاهي حبه للكونغ فو سوى شهية لا تشبع.

عندما يسقط حماه -الملك هارولد- مريضًا، يصبح شريك الوريث المنتظر للأرض البعيدة، من أجل عدم التخلي عن حبيبته، يجند شريك أصدقائه الحمار والقط لتثبيت أرتي المتمرد الملك الجديد، ولكن الأميرة فيونا، تنظم مسيرات مجموعة من الصديقات الملكية لدرء انقلاب من قبل الأمير الساحر.

تدور احداث الفيلم حول القطّ الأسطوري ويتجه إلى "أرض العمالقة" مع صديقيه "هامبتي دامبتي" و"كيتي الأيدي الناعمة" في مهمّة لسلب أعظم كنوزها... إنّها "الإوزة الذهبية".

طفل يرتدي بذلة ويحمل حقيبة، يتحد مع شقيقه صاحب السبع سنوات، حتى يتعاونا لإيقاف مؤامرة غادرة تُدار بواسطة المدير التنفيذي لشركة بوبي.

استكمالا للجزئين الاول والثاني يظل كل من الأسد الكس و الحمآر الوحشي مارتي و فرس النهر جلوريا والزرآفة ميلمان في محاولة مستمرة للعودة إلى وطنهم ولكن تلك المرة رحلتهم عبر أوروبا حيث الكثير من المتع التي يتخيلون معها كأنهم بوطنهم مدغشقر.

في الجزء الثاني، يكبر اﻷخوان تمبلتون في السن، وتتفرق مساراتهما عن بعضهما البعض، ولكن هذه المرة سيأتي طفل متسيد جديد كي يجمع اﻷخوين معًا من جديد في عمل جديد.