يبدأ الجزء الثاني من حيث انتهى الجزء الأول، بعدما تحولت الأميرة فيونا إلى غولة قبيحة وتزوجت شريك وعاشا معا في مستنقعة، يتوجب على فيونا وشريك زيارة والديها الملك والملكة بعد فترة غياب عنهما طويلة، لكنهما يصابان بصدمة كبيرة، بعد لقائهما مع ابنتهما في هيئتها الجديدة، تتقبل الملكة الأم الواقع الجديد الأليم، بينما يرفضه الملك ويقرر التخلص من شريك، وبعد فشله بجميع المؤامرات، يلجأ إلى الجنية العرابة لتعيد له ابنته بصورتها الحقيقة، ولكنها تشترط عليه أن تتزوج من ابنها المغرور.

شريك غول اخضر يعيش في المستنقع وحيدًا مستمتعًا بعزلته، إلى أن يجد في يوم ما كل شخصيات القصص الخيالية ينامون في مستنقعه, فيذهب إلى اللورد فركواد ومعه الحمار كمساعده كي يامرهم بالرحيل, فيطلب منه فركواد ان يذهب لعرين التنين لينقذ الأميرة فيونا التي تتحول في المساء إلى غولة بدورها.

بعد العاصفة الغذائية الكارثية في الفيلم الأول ، يضطر فلينت وأصدقاؤه إلى مغادرة المدينة. يقبل فلينت دعوة من معبوده تشيستر الخامس للانضمام إلى شركة لايف كورب ، التي تم تكليفها بتنظيف الجزيرة ، وحيث يقوم أفضل المخترعين في العالم بإنشاء تقنيات لتحسين البشرية. عندما يكتشف فلينت أن آلته لا تزال تعمل وتخلق الآن وحوشا غذائية متحولة مثل المخللات الحية ، والتاكودلات الجائعة ، والشريمبانزي ، وفطيرة التفاح ، هو وفرينه

يتعيّن على المخترع غريب الأطوار "فلينت لوكوود" تفادي كارثة أكلات شهيّة بأحجام ضخمة بعد ابتكاره لآلة تجعل الطعام يتساقط من السماء.

يعيش الأسد أليكس والحمار الوحشي مارتي والزرافة ميلمين وفرس النهر جلوريا حياة مترفة في حديقة الحيوان، وذات يوم خطر ببال مارتي في تجربة الحياة في البرية، يحاول أصدقائه الهرب من تلك الفكرة، ولكنهم فوجئوا بشحنهم بالخطأ، وتحدث المغامرة حينما تفلت الصناديق التي تحملهم في البحر ليستقروا على جزيرة مدغشقر، حيث توجد بها مملكة قرود الليمور، والتي تعيش في تهديد دائم وخطر مستمر من حيوانات الفوسا.

يكتشف بوس أن شغفه بالمغامرة قد تسبب في خسائر فادحة وذلك لأنه قضى على ثمانية من حياته التسع . فينطلق بوس في رحلة ملحمية للعثور على آخر أمنية أسطورية واستعادة حياته التسعة.

عندما يسقط حماه -الملك هارولد- مريضًا، يصبح شريك الوريث المنتظر للأرض البعيدة، من أجل عدم التخلي عن حبيبته، يجند شريك أصدقائه الحمار والقط لتثبيت أرتي المتمرد الملك الجديد، ولكن الأميرة فيونا، تنظم مسيرات مجموعة من الصديقات الملكية لدرء انقلاب من قبل الأمير الساحر.

خلال احتفاله بعيد ميلاد أبنائه مع زوجته فيونا، يشعر الغول شريك بالشوق إلى حياته السابقة قبل كل هذا حين كان أكثر حرية وانطلاقًا، ويحاول شريك البحث عما فقد منه.